В 2004 г. в Институте проведено обновление его структуры. Ряд научных подразделений упразднён или http://www.edmedicalsolutions.com/ реорганизован, организована новая лаборатория факторов транскрипции, группа молекулярных основ клеточной терапии и группа хромосомных основ эволюции.

На 1 января 2005 г. в составе Института имеется 31 научное подразделение: 23 лаборатории и 8 групп. Общее число сотрудников Института – 404 человека, включая 243 научных сотрудника. Среди них два академика и пять членов–корреспондентов РАН, два члена Европейской академии, 55 докторов наук и 124 кандидата наук.

ИМБ – инициатор исследований по структурно–функциональному анализу хромосом человека и растений, тРНК и аминоацил–тРНК–синтетазам, кристаллографии белков, молекулярной энзимологии, обратной транскрипции, расшифровке нуклеотидных последовательностей ДНК и РНК, молекулярной иммунологии, структуре нуклеосом, подвижным генетическим элементам животных, ДНК–лигандным взаимодействиям, биологическим микрочипам, геномной дактилоскопии. ИМБ РАН занимает 15 место среди всех научно–исследовательских институтов и университетов Российской Федерации по суммарному индексу цитирования и первое место (более чем в 1,5 раза превышая показатель института, занявшего второе место) среди институтов Отделения биологических наук РАН (данные сетевого ресурса scientific.ru, поддерживаемого Российским фондом фундаментальных исследований).

Продолжая свой творческий рост, многие бывшие сотрудники Института стали организаторами и руководителями ведущих лабораторий, научных центров и институтов в России и за рубежом, занимают ответственные посты в академических, государственных и коммерческих структурах. В ИМБ сложились как ученые и работали более 20 лет академик Г.П. Георгиев – организатор и директор Института биологии гена РАН академик РАСХН К.Г. Скрябин – организатор и директор Центра «Биоинженерия» РАН чл.–корр. РАН Е.С. Северин – организатор и директор Центра медицинской диагностики академик М.П. Кирпичников – Председатель ВАК, зав. кафедрой, проректор МГУ чл.–корр. РАН А.П. Рысков – зав. лаб. ИБГ РАН чл.–корр. РАН Н.В. Гнучев – зам. директора ИБГ РАН чл.–корр. РАН А.Г. Габибов – зав. лаб. ИБХ РАН проф. О.О. Фаворова – зав. кафедрой МГМУ.